La historia de videoclip de Like A Prayer está unida a la megacampaña publicitaria que Pepsi (multinacional de bebidas refrescantes) firmó con Madonna, y por la cual ella se embolsaría la cifra de 5 millones de dólares.
La idea era que Like A Prayer sirviera de inicio a un contrato de promoción consistente en una serie de spots y el patrocinio de la que sería su próxima gira mundial (Blond Ambition World Tour), acuerdo al que se llegó tras arduas y trilaterales negociaciones entre Pepsi, Madonna y Sire Records. Esta campaña publicitaria formaría parte de la estrategia de promoción de la marca en USA, bajo el eslogan "El sabor de América". La fórmula propuesta por Pepsi no era nada nuevo y contaba con precedentes tan notorios como Michael Jackson, Tina Turner, David Bowie... La única diferencia consistía en que, por primera vez, la campaña publicitaria y la promoción del album serían simultáneas. El anuncio de Pepsi sería la primera oportunidad para el público de poder escuchar la canción, algo que hasta ese momento nadie habia hecho. Madonna se negó a incluir la palabra Pepsi en la canción, como ya habían hecho Michael Jackson o Whitney Houston.
Se realizó un primer anuncio, que durante varios días iba preparando el terreno al que sería el gran estreno mundial de Like A Prayer. El prestreno del mismo fue el 24 de febrero de 1989. Aparecía un aborigen australiano pateándose la llanura hasta alcanzar una estación de servicio con antena parabólica y allí poder ver por un televisor a la estrella dando los toques definitivos para su actuación. Como era de esperar la expectación fue máxima. Hasta que por fin se estrenó Like A Prayer en las principales cadenas de televisión del mundo y en horarios de alta audiencia.
El anuncio está rodado casi por completo en blanco y negro en Arizona, dirigido por Joe Pytka que ya había trabajado en la campaña publicitaria de Pepsi y Michael Jackson, y en él se suceden escenas de Madonna de pequeña apagando las velas en su cumpleaños, recibiendo clases de baile en un instituto católico y, finalmente, exhortando a la audiencia a hacer suyo el eslogan de la campaña "Formula un deseo" (Go ahead, Make a wish). De fondo se escuchaba el nuevo sencillo: Like A Prayer. El pelo negro con un mechón rubio es la imagen que Madonna escoge para la campaña publicitaria. Las imágenes del anuncio son bastante diferentes de las que luego aparecerían en el videoclip.
El videoclip se recordará como uno de los de mayor agitación y polémica de la historia, aunque sólo sea porque en sus cerca de seis minutos se suceden, a toda velocidad, escenas del interior de una iglesia, una violación múltiple con testigo, el beso de Madonna a un santo negro (San Martín de Porres), estigmas, decenas de cruces ardiendo y hasta el paseo celestial de la propia cantante. Madonna pretendía encontrar la línea que separa el éxtasis sexual y el religioso, y no solo la encontró sino que la cruzó. La reacción fue inmediata, por una parte la campaña fue cancelada tras la emisión del spot (que se emitió una sola vez en el Reino Unido y dos en Estados Unidos), decisión que tuvo que tomar la multinacional ante el boicot que ciertos sectores "de moral correcta" habían levantado como la Asociación Familar Americana (que retiraron las máquinas expendedoras de refrescos de los colegios católicos). La iglesía también se manifestó energicamente contra Madonna acusándola de blasfema y del uso que hacía de la religión para ganar dinero y popularidad. Y por si fuera poco la Organización Islámica para la Vigilancia de los Medios de Difusión dijo que el videoclip insultaba a Jesucristo, su profeta, y el castigo por blasfemia segun la ley islámica tradicional era la muerte. La emisión del videoclip fue prohibida en algunos paises. A pesar de que se rompió el contrato con Pepsi, Madonna se embolsó los cinco millones y Pepsi acabó 1989 con grandes ganancias.
Fue rodado durante 3 días en San Pedro, Los Angeles, a cargo de Mary Lambert (con la que ya había trabajado en La Isla Bonita, Material Girl y Borderline) que suavizó un poco el guión original en el que Madonna y el santo negro eran disparados por la espalda por el Klu Klux Klan. Hay varios datos curiosos en torno al videoclip, por una parte la decoración de la iglesia choca con la austeridad de los templos americanos influenciados por el protestantismo, el coro gospel Andrae Crouch que canta en la canción y una de las coristas habituales de Madonna, Niki Haris, declinaron aparecerer en el videoclip por lo controvertido del tema y es una de las pocas ocaciones en la que hemos podido ver a Madonna con su color original de pelo.
Existe otra version del videoclip con la versión 12'' Dance Remix, con las mismas imágenes.

When you call my name it's like a little prayer
I'm down on my knees, I wanna take you there
In the midnight hour I can feel your power
Just like a prayer you know I'll take you there

I hear your voice, it's like an angel sighing
I have no choice, I hear your voice
Feels like flying
I close my eyes, Oh God I think I'm falling
Out of the sky, I close my eyes
Heaven help me

When you call my name it's like a little prayer
I'm down on my knees, I wanna take you there
In the midnight hour I can feel your power
Just like a prayer you know I'll take you there

Like a child you whisper softly to me
You're in control just like a child
Now I'm dancing
It's like a dream, no end and no beginning
You're here with me, it's like a dream
Let the choir sing

When you call my name it's like a little prayer
I'm down on my knees, I wanna take you there
In the midnight hour I can feel your power
Just like a prayer you know I'll take you there

Just like a prayer, your voice can take me there
Just like a muse to me, you are a mystery
Just like a dream, you are not what you seem
Just like a prayer
No choice your voice can take me there
Just like a prayer, I'll take you there
It's like a dream to me

Cuando tú me llamas es como una pequeña oración
Me arrodillo, quiero cogerte allí
En la media noche puedo sentir tu poder
Como una oración sabes que te cogeré allí

Escucho tu voz, es como un angel suspirando
No tengo elección, escucho tu voz
Siento como si volara
Cierro los ojos, Oh Dios creo que estoy cayendo
Fuera del cielo, cierro los ojos
Cielo ayúdame

Cuando tú me llamas es como una pequeña oración
Me arrodillo, quiero cogerte allí
En la media noche puedo sentir tu poder
Como una oración sabes que te cogeré allí

Como un niño susurrándome suavemente
Me controlas como a un niño
Ahora estoy bailando
Es como un sueño, no hay final y no hay principio
Estás aquí conmigo, es como un sueño
Deja que el coro cante

Cuando tú me llamas es como una pequeña oración
Me arrodillo, quiero cogerte allí
En la media noche puedo sentir tu poder
Como una oración sabes que te cogeré allí

Como una oración, tu voz puede llevar me allí
Como una musa para mí, tú eres un misterio
Como un sueño, no eres lo que pareces
Como una oración
No hay elección tu voz me puede llevar allí
Como una oración, te cogeré allí
Es como un sueño para mí